È il momento di creare alcune strutture nel file system LFS. Creare un albero di directory standard inserendo i seguenti comandi :
install -d /{bin,boot,dev,etc/opt,home,lib,mnt} install -d /{sbin,srv,usr/local,var,opt} install -d /root -m 0750 install -d /tmp /var/tmp -m 1777 install -d /media/{floppy,cdrom} install -d /usr/{bin,include,lib,sbin,share,src} ln -s share/{man,doc,info} /usr install -d /usr/share/{doc,info,locale,man} install -d /usr/share/{misc,terminfo,zoneinfo} install -d /usr/share/man/man{1,2,3,4,5,6,7,8} install -d /usr/local/{bin,etc,include,lib,sbin,share,src} ln -s share/{man,doc,info} /usr/local install -d /usr/local/share/{doc,info,locale,man} install -d /usr/local/share/{misc,terminfo,zoneinfo} install -d /usr/local/share/man/man{1,2,3,4,5,6,7,8} install -d /var/{lock,log,mail,run,spool} install -d /var/{opt,cache,lib/{misc,locate},local} install -d /opt/{bin,doc,include,info} install -d /opt/{lib,man/man{1,2,3,4,5,6,7,8}}
Le directory sono, per default, create con il permesso in modalità 755, ma questo non è desiderabile per tutte le directory. Nei comandi precedenti vengono fatti due cambiamenti: uno alla directory home di root, e un altro alle directory per i file temporanei.
Il primo cambiamento di modalità assicura che non tutti possano entrare nella directory /root (un utente normale fa lo stesso sulla sua home directory). Il secondo cambio di modalità assicura che tutti gli utenti possano scrivere nelle directory /tmp e /var/tmp, ma non possano rimuovere da questa i file di altri utenti. L'ultimo è proibito dal cosiddetto “sticky bit”, il bit più alto nella maschera 1777.
L'albero delle directory si basa sullo standard del Filesystem Hierarchy Standard (FHS) (disponibile su http://www.pathname.com/fhs/). Oltre all'albero creato sopra questo standard prevede anche l'esistenza di /usr/local/games e /usr/share/games. FHS non è preciso sulla struttura dela sottodirectory /usr/local/share, quindi creiamo solo le directory necessarie. Tuttavi si è liberi di creare queste directory se si preferisce conformarsi più strettamente allo standard FHS.