Ora che è stata creata una partizione vuota, si può creare il file system. Il sistema più usato nel mondo Linux è il second extended file system (ext2), ma con i nuovi dischi ad alta capacità, i cosiddetti journaling file system stanno diventando sempre più popolari. Qui sarà creato un file system ext2, ma istruzioni per creare altri file system possono essere trovate presso http://www.linuxfromscratch.org/blfs/view/svn/postlfs/filesystems.html.

Per creare un file system ext2 sulla partizione LFS, lanciare il seguente comando:

mke2fs /dev/[xxx]

Dove [xxx] va sostituito con il nome della partizione LFS (nell'esempio precedente hda5).

Se è stata creata una partizione di swap, è necessario anche inzializzarla come partizione di swap (o, come si dice in gergo, formattarla, come descritto sopra con mke2fs) lanciando il comando seguente. Se si sta usando una partizione di swap esistente, non c'è bisogno di formattarla.

mkswap /dev/[yyy]

Dove [yyy] va sostituito con il nome della partizione di swap.