Da adesso in poi, quando si esce dall'ambiente chroot e si vuole rientrarvi, è necessario utilizzare il seguente comando chroot modificato:
chroot "$LFS" /usr/bin/env -i \ HOME=/root TERM="$TERM" PS1='\u:\w\$ ' \ PATH=/bin:/usr/bin:/sbin:/usr/sbin \ /bin/bash --login
La ragione è che, poiché i programmi in /tools non sono più necessari, è possibile cancellare l'intera directory e recuperare lo spazio occupato. Prima di cancellare la directory, uscire da chroot e rientrarvi con il comando specificato. Inoltre, prima di rimuovere /tools, è possibile eseguire il tar della directory e conservarla in un posto sicuro, in caso si voglia costruire un altro sistema LFS successivamente.
Rimuovendo /tools si rimuoveranno inoltre le copie temporanee di Tcl, Expect e DejaGnu, che sono state utilizzate per eseguire i test sulla toolchain. Se si vuole utilizzare questi programmi più tardi, è necessario ricompilarli e reinstallarli. Le instruzioni di installazione sono le stesse del Capitolo 5, a meno di modificare il prefisso da /tools a /usr. Il libro BLFS discute un approccio leggermente differente per installare Tcl (si veda http://www.linuxfromscratch.org/blfs/).
I pacchetti e le patch archiviati in /sources possono anche essere spostati in una locazione più usuale, come /usr/src/packages. L'intera directory può anche essere cancellata se il suo contenuto è stato masterizzato su un CD.