Come molti altri sistemi operativi LFS è normalmente installato su una partizione dedicata. L'approccio raccomandato per costruire un sistema LFS è di usare una partizione vuota disponibile o, se si ha sufficiente spazio non partizionato, di crearne una. Comunque un sistema LFS (in effetti anche sistemi LFS multipli) può anche essere installato su una partizione già occupata da un altro sistema operativo e i diversi sistemi coesisteranno pacificamente. Il documento http://www.linuxfromscratch.org/hints/downloads/files/lfs_next_to_existing_systems.txt spiega come implementarlo, mentre questo libro discute il metodo di usare una partizione nuova per l'installazione.
Un sistema minimale richiede una partizione di circa 1.3 gigabyte (GB). Questo è sufficiente per installare tutti i tarball dei sorgenti e compilare tutti i pacchetti. Ma se l'intenzione è di usare il sistema LFS come sistema Linux principale, probabilmente si vorrà installare del software aggiuntivo che richiederà più spazio (2-3 GB). Il sistema LFS di per sé non userà tutto questo spazio. Una gran parte di questa necessità serve per fornire spazio ad operazioni temporanee. Compilare un pacchetto può richiedere molto spazio disco che sarà liberato dopo che il pacchetto è stato installato.
Dal momento che non c'è mai abbastanza Random Access Memory (RAM) per i processi di compilazione, è una buona idea usare una piccola partizione come spazio di swap. Questo spazio è usato dal kernel per memorizzare dati usati raramente e lasciare più memoria disponibile per i processi attivi. La partizione di swap del sistema LFS può essere la stessa usata dal sistema ospite, nel qual caso non è necessario crearne un'altra.
Avviare un programma di partizionamento come cfdisk o fdisk con un'opzione a linea di comando che nomini il disco su cui dovrà essere creata la nuova partizione. Per esempio /dev/hda per il disco IDE (Integrated Drive Electronics) primario. Creare quindi una partizione nativa Linux e, se necessaria, una partizione di swap. Se non si sa come usare questi programmi si può fare riferimento a cfdisk(8) o fdisk(8) se non si sa ancora come usare i programmi.
Occorre ricordarsi la denominazione della nuova partizione (es. hda5). Questo libro farà riferimento ad essa come alla partizione LFS. Bisogna ricordare anche la denominazione della partizione di swap. Questi nomi saranno necessari in seguito per il file /etc/fstab.