D'ora in avanti quando si rientra nell'ambiente chroot dopo essere usciti il seguente comando chroot modificato:
chroot "$LFS" /usr/bin/env -i \ HOME=/root TERM="$TERM" PS1='\u:\w\$ ' \ PATH=/bin:/usr/bin:/sbin:/usr/sbin \ /bin/bash --login
La ragione per questo è che i programmi in /tools non sono più necessari. Poiché essi non sono più necessari si può cancellare la directory /tools se lo si desidera o fare un tar su essa e mantenerla per costruire un altro sistema.
La rimozione di /tools rimuoverà anche le copie temporanee di Tcl, Expect, e DejaGNU, che sono state usate per eseguire i test della toolchain. Se in seguito si ha bisogno di questi programmi essi dovranno essere ricompilati e reinstallati. Il libro BLFS ha istruzioni per questo (vedere http://www.linuxfromscratch.org/blfs/).