Ogni utente è libero di usare l'ambiente desktop che preferisce. Il risultato finale è che se si usa un sistema con solo KDE o solo GNOME, allora il look & feel dell'ambiente è molto consistente e tutte le applicazioni interagiscono molto bene tra loro. Ciò semplicemente non era possibile quando le applicazioni erano scritte con una miriade di diversi toolkit. La moltitudine di strumenti forniti dai moderni ambienti desktop sotto Linux permette altri simpatici trucchetti, come architetture a componenti (KDE ha Kparts e GNOME usa il framework di componenti Bonobo), che fanno sì che si possano creare cose come documenti testuali che contengono un foglio di calcolo o un grafico, strumenti di stampa globali simili ai contesti di stampa che si trovano sotto Windows, e tutte cose che rendono possibile ad utenti più avanzati di far interagire e collaborare le applicazioni in modi interessanti.
Secondo la concezione Unix di "ambiente desktop" si possono avere programmi di un ambiente che girano in un altro. È concepibile che io possa usare Konqueror sotto GNOME, o Gnumeric sotto KDE. Dopo tutto sono solo programmi. Ovviamente l'idea di ogni ambiente desktop è la consistenza, quindi ha senso usare solo applicazioni progettate per il proprio particolare ambiente; tuttavia se l'utente vuole avere a che fare con un'applicazione che sembra "fuori luogo" e non interagisce bene con il resto dell'ambiente, liberissimo di farlo.